Une méthode générale de génotypage s’appliquant à toutes les espèces animales et démontrée pour les bovins prive d’activité inventive son application à la poule pondeuse malgré les différences taxonomiques, génétiques et phénotypiques majeures entre mammifères et aviaires;

L’arrêt de la Cour d’appel de Paris qui vient d’ être rendu, annule différentes revendications de la partie française d’un brevet européen qui avait déjà été limité devant l’INPI.

Ce brevet a pour objet une méthode génétique pour évaluer la prédisposition d’une poule à une mauvaise odeur dans les oeufs, comprenant une analyse génétique pour rechercher une mutation spécifique (appelée « polymorphisme nucléotidique ») du gène FMO3 liée à cette prédisposition ;

Quelques extraits de l’arrêt sur l’annulation de la revendication 1ère.

Le contenu de l revendication 1ère :

Méthode pour évaluer un aviaire pour sa prédisposition à une mauvaise odeur dans les oeufs, comprenant l’analyse de l’acide nucléique d’un échantillon comprenant le gène codant FMO3 ou un ARNm correspondant pour un polymorphisme nucléotidique qui est lié à ladite prédisposition dans lequel une différence par rapport à la séquence FMO3 de type sauvage est indicative d’une mauvaise odeur, ladite différence correspondant à la présence d’un codon sérine à une position correspondant à la position 329 de FMO3 de poulet tel que représenté dans SEQ ID NO 125, ledit aviaire étant un poulet ;

Le Tribunal ayant annulé cette revendication, le titulaire du brevet en saisit la Cour d’appel.

La règle de droit

Considérant qu’aux termes de l’article 56 de la Convention de Munich sur le brevet européen, une invention est considérée comme impliquant une activité inventive si, pour un homme du métier, elle ne découle pas d’une manière évidente de l’état de la technique ; que si l’état de la technique comprend également des documents visés à l’article 54§3, ils ne sont pas pris en considération pour l’appréciation de l’activité inventive ;

La définition de l’homme du métier

Considérant, au préalable, que c’est par de justes motifs que la cour fait siens que le tribunal a considéré que l’homme du métier était, en l’espèce, constitué d’une équipe formée par un technicien de l’élevage aviaire et d’un généticien ;

La revendication 1ère est comprise comme impliquant deux étapes

Considérant que la revendication 1 couvre une méthode pour évaluer un aviaire pour sa prédisposition à une mauvaise odeur dans les oeufs, comprenant l’analyse de l’acide nucléique d’un échantillon comprenant le gène codant FMO3 ou un ARNm correspondant pour un polymorphisme nucléotidique qui est lié à ladite prédisposition dans lequel une différence par rapport à la séquence FMO3 de type sauvage est indicative d’une mauvaise odeur, – ladite différence correspondant à la présence d’un codon sérine à une position correspondant à la position 329 de FMO3 de poulet tel que représenté dans SEQ ID NO 125, – ledit aviaire étant un poulet ;

Que si, comme l’indique la partie descriptive du brevet, le problème technique sous-jacent à l’invention consiste à mettre à disposition des moyens et des méthodes pour évaluer un aviaire pour observer sa prédisposition à produire des oeufs avec une mauvaise odeur, la structure de cette première  revendication permet de comprendre que la méthode décrite par l’invention comporte deux parties :

– d’abord, la découverte selon laquelle une analyse de l’ADN du gène FMO3 d’un échantillon de poulet révélant une différence par rapport à la séquence FMO3 de type sauvage serait indicative d’une mauvaise odeur,

– ensuite, la précision selon laquelle cette différence correspondrait à la présence d’un codon sérine à une position correspondant à la position 329 de FMO3 de poulet tel que représenté dans SEQ ID NO 125 ;

L’analyse successive de chaque étape

• Sur le premier aspect de l’invention

Considérant, sur le caractère inventif de la découverte selon laquelle la mauvaise odeur des oeufs de poule pondeuse trouverait son origine dans une mutation du gène FMO3, que c’est par de justes motifs que la cour fait siens que le tribunal, reprenant l’argumentation des défenderesses, a considéré :

– qu’il existait dans l’art antérieur plusieurs publications de 1973, 1981 et du 25 juillet 2003, soit antérieures à la date de priorité du 24 septembre 2003 du brevet EP 936, révélant qu’il était connu que l’odeur du poisson pourri dans les oeufs trouvait son origine dans un défaut métabolique d’origine génétique et plus précisément dans un gène mutant ; – que l’homme du métier aurait été incité par l’enseignement du brevet dit ‘AREXIS’ à rechercher si cette mutation affectait le gène FMO3 du poulet ;

Que les sociétés …… ne critiquent pas le jugement en ce qu’il a dit que l’art antérieur savait que l’odeur de poisson pourri des oeufs de poule trouvait son origine dans un gène mutant ; qu’en revanche, elles soutiennent que le brevet Arexis, qui constitue l’art antérieur le plus proche, s’il divulgue une méthode permettant d’identifier une mutation du gène FMO3 responsable de l’odeur de poisson dans le lait des bovins, postule simplement, sans aucune illustration expérimentale permettant de corroborer cette piste à l’époque, que « des mutations dans le gène FMO3 du poulet pourraient être associées à l’odeur de poisson des oeufs produits par des poules portant ces mutations », et n’apporte à l’homme du métier aucune information scientifique de nature à lui donner une espérance raisonnable de réussite ; que bien au contraire, les différences taxonomiques, génétiques et phénotypiques majeures entre mammifères et aviaires n’auraient pas donné d’espoir raisonnable de réussite à l’homme du métier ; que celui-ci, conscient de ces difficultés et par conséquent conservateur, n’aurait pas entamé de programme de recherche sur le gène FMO3 du poulet avec une espérance raisonnable de réussite ;

Le document opposé est antérieur de deux mois et il donne différents exemples et une méthode pour les poules

Considérant, ceci étant exposé, que le brevet Arexis WO 03/057886, qui a été déposé le 9 janvier 2003 avec une date de priorité au 9 janvier 2002, a été publié le 17 juillet 2003, soit deux mois avant la date de priorité du brevet EP 936 le 24 septembre 2003 ; qu’il constitue donc un art antérieur ;

Qu’il a pour titre ‘détection de mutations’ ;

Qu’il définit d’abord le ‘domaine de l’invention’ en ce que celle-ci concerne des mutations dans le gène de la mono-oxygénase contenant de la flavine (FMO3) ainsi que des méthodes de détection de telles mutations chez les animaux de ferme et la volaille ;

Qu’il aborde ensuite ‘le contexte de l’invention’ ; qu’en premier lieu, l’odeur de poisson dans le lait est un défaut qualitatif qui a été observé récemment dans le lait en vrac en Suède et qui occasionne des pertes considérables aux producteurs de lait comme aux entreprises laitières ; qu’en deuxième lieu, des phénomènes similaires ont été observés dans d’autres espèces, chez l’homme et chez le poulet, précisant que chez ce dernier, la TMA a été principalement trouvée dans le jaune d’oeuf ; qu’en troisième lieu, l’odeur de poisson a des causes génétiques, avec un mode de transmission récessif chez l’homme et ‘semi-dominant’ chez poulet ; que chez l’homme, il a été démontré en 2001 que le  syndrome du poisson pourri était dû à des mutations du gène FMO3 ; qu’en quatrième lieu, cette odeur de poisson chez l’homme, le poulet et les bovins est probablement due à une combinaison d’effets génétiques et alimentaires ;

Qu’il procède encore à une ‘brève description des dessins’ se rapportant en particulier à un ‘alignement des codons 236-238 pour l’allèle FMO3 normal (R238) et mutant (R238X) chez les bovins’ ;

Qu’il effectue ensuite une ‘description détaillée de l’invention’ ; que celle-ci montre que la mutation non-sens R238X du gène FMO3 se traduit par une odeur de poisson dans le lait ; que plus généralement, elle décrit une méthode de génotypage pouvant être utilisée par les entreprises d’élevage pour éliminer le problème chez les races qui présentent une mutation non-sens du gène FMO3 ; que dans le présent contexte, un animal doit être compris comme faisant référence à toutes les espèces animales, à l’exception de l’homme ; que dans un aspect préféré, la présente invention concerne des mutants qui entraînent une accumulation de TMA, avec pour conséquence un goût et/ou une odeur de poisson chez un animal ; que ces mutants incluent, sans s’y limiter, des mutants de la FMO3 ayant une activité catalytique diminuée vis-à-vis de l’oxydatíon de la TMA ; qu’un exemple d’un tel mutant altéré dans sa fonction est un polypeptide résultant d’une délétion d’une partie du polypeptide FMO3, tel que le variant R238X du FMO3 bovin ; que pour déterminer le pourcentage d’identité de deux séquences d’acides aminés ou de deux séquences d’acides nucléiques, on aligne les séquences afin d’optimiser la comparaison ; qu’ensuite, on compare les résidus acides aminés ou les nucléotides à des positions d’acides aminés ou de nucléotides correspondantes ; que lorsqu’une position dans la première séquence est occupée par le même résidu acide aminé ou nucléotide que dans la position correspondante dans la deuxième séquence, les molécules sont identiques dans cette position ; que le pourcentage d’identité entre les deux séquences est fonction du nombre de positions identiques que les séquences partagent ; que des mutations dans le gène FMO3 bovin peuvent conduire à l’odeur de poisson dans le lait, ceci étant provoqué par une altération du métabolisme de la triméthylamine ; qu’il est en outre postulé que des mutations dans le gène FMO3 du poulet peuvent être associées avec l’odeur de poisson dans les oeufs produits par des poules porteuses de ces mutations ;

Que la mise en oeuvre de l’invention est illustrée par trois exemples, lesquels ne sauraient en aucune façon limiter son adaptation à d’autres usages ; que le premier exemple se rapporte au séquençage du gène FMO3 bovin, permettant de comparer des séquences partielles du gène FMO3 bovin provenant d’une vache qui produisait du lait avec une forte odeur de poisson et d’une vache produisant du lait normal et d’identifier une mutation non-sens notée R238X affectant la première ; que le deuxième exemple, en procédant notamment au génotypage de la de la mutation R238X du gène FMO3 bovin, puis à l’amplification RT-PCR et au séquençage de son ADNc, permet de démontrer ‘de manière convaincante’ que cette mutation est à l’origine de l’odeur du poisson dans le lait ;

Que le troisième exemple concerne le ‘séquençage du gène FMO3 de poulet’ ; qu’il indique que des parties des exons du gène de poulet FMO3 vont être amplifiées à partir d’échantillons d’ADN génomique en utilisant à la fois des amorces correspondant à des séquences bien conservées entre les séquences FMO3 des espèces bovine, humaine, lapin, souris et rat ainsi que des amorces correspondant à des séquences EST dérivées du gène FMO3 de poulet, les EST 603149708F1 et 603610105F1 disponibles dans la base de données EST de poulet (httpz//www.chick.umist.ac.uk/cgi-bin/chicken-database.cgi) ; qu’à la fois des échantillons d’ADN génomique de poules qui ont été montrées produisant des oeufs avec un arrière-goût de poisson et des échantillons d’ADN génomique de poules normales seront utilisés comme matrices ; que la séquence d’ADNc codant pour la FMO3 de poulet sera obtenue à partir de produits de RT-PCR à partir d’ARNm de foie ; que les séquences obtenues à partir des poules qui ont été montrées produisant des oeufs avec un arrière-goût de poisson et des séquences obtenues à partir de poules normales seront comparées et les variants de séquence seront identifiés ; que des poules seront génotypées et les variants FMO3 associés à la production d’oeufs ayant un arrière-goût de poisson seront identifiés ;

L’analyse de la Cour de ce document antérieur

Considérant, à l’analyse de ce qui précède, que contrairement à ce que soutiennent les sociétés appelantes, le brevet Arexis, ne se borne pas à divulguer une méthode permettant d’identifier une mutation du gène FMO3 responsable de l’odeur de poisson dans le lait des bovins et à postuler que des mutations dans le gène FMO3 du poulet pourraient être associées à l’odeur de poisson des oeufs produits par des poules portant ces mutations ; que son titre, détection de mutations, s’applique aussi bien aux mutations génétiques chez la poule pondeuse que chez les bovins et plus généralement à tous les animaux ; que son domaine, qui concerne les mutations du gène de FMO3 ainsi que des méthodes de détection de telles mutations chez les animaux de ferme et la volaille, démontre qu’il s’intéresse particulièrement aux mutations du gène FMO3 chez la poule pondeuse ; que son contexte, qui vise tant les poulets que les bovins et les hommes, postule que dans les trois espèces l’odeur de poisson est probablement due à une combinaison d’effets génétiques et alimentaires, alors qu’il a été démontré en 2001 pour l’homme que le syndrome du poisson pourri était dû à des mutations du gène FMO3 ; que la description détaillée de l’invention révèle qu’il s’agit essentiellement d’une méthode générale de génotypage s’appliquant à toutes les espèces animales, à l’exception de l’homme, pouvant être utilisée par les entreprises d’élevage pour détecter des mutations du gène FMO3 et éliminer le problème de l’odeur de poisson chez les races qui présentent une telle mutation ; que les trois exemples cités sont des cas particuliers d’application de la méthode générale faisant l’objet du brevet ; que les deux premiers exemples démontrent la fiabilité de la méthode générale pour le cas des bovins, en parvenant à identifier une mutation non-sens notée R238X puis à démontrer ‘de manière convaincante’ que cette mutation est à l’origine de l’odeur du poisson dans le lait ; que le troisième exemple vise à appliquer cette même méthode générale, en en détaillant le processus, pour identifier les variants FMO3 associés à la production d’oeufs ayant un arrière-goût de poisson ;

Considérant, en définitive, que le brevet Arexis révèle non seulement que la mauvaise odeur des oeufs de poule pondeuse trouverait son origine dans une mutation du gène FMO3, mais aussi donne le ‘mode d’emploi’ pour identifier cette dernière ; que loin d’être une simple postulation, cette hypothèse est très argumentée, révélant une méthode générale de ‘détection de mutation’ dont la validité est vérifiée par les deux exemples s’appliquant aux bovins ;

Que l’argumentation des sociétés appelantes selon lesquelles les différences taxonomiques, génétiques et phénotypiques majeures entre mammifères et aviaires n’auraient pas donné d’espoir raisonnable de réussite à l’homme du métier ne peut dès lors qu’être écartée compte tenu de l’incitation très forte que représente l’enseignement du brevet Arexis ;

Qu’en définitive, le jugement ne peut qu’être confirmé en ce qu’il a dit que l’homme du métier, qui savait que l’odeur du poisson pourri dans les oeufs trouvait son origine dans un défaut métabolique d’origine génétique et plus précisément dans un gène mutant, aurait été incité par l’enseignement du brevet dit ‘AREXIS’ à rechercher si une telle mutation affectait le gène FMO3 du poulet ;

•  Sur le second aspect de l’invention

Considérant, sur le caractère inventif de la découverte selon laquelle la mutation du gène FMO3 chez le poulet correspondrait à la présence d’un codon sérine à une position correspondant à la position 329 de FMO3 de poulet tel que représenté dans SEQ ID NO 125, que le tribunal, reprenant l’argumentation des défenderesses, a notamment considéré :

– que le brevet AREXIS expose un exemple 3 concernant FMO3 chez le poulet et propose une méthode de sélection en précisant qu’à partir de parties d’exons et avec des amorces déjà disponibles dans des bases de données, il est possible de génotyper les poules et les variantes FMO3 associés à la production d’oeufs ayant un arrière goût de poisson ; – que ce brevet précise encore que la séquence d’ADNc codant pour la FMO3 de poulet pourra être obtenue à partir de produits de RT-PCR à partir d’ARNm de foie ;

– que cette solution est donc connue de l’homme du métier et fait référence à une méthode de sélection standard comme l’a rappelé le professeur ……. dans son rapport d’expertise (page 2, paragraphe 4 de la section « commentaires ») au terme duquel il indique qu’ il convient de travailler directement sur l’ARN pour étudier la séquence codante de FMO3 c’est-à-dire qu’il convient d’extraire l’ARN des animaux d’intérêt, de réaliser une transcription inverse pour obtenir de l’ADN complémentaire (ADNc) selon une technique simple et rapide, connue de tous au début des années 2000 : la RT-PCR ; que dans ce cas, il n’est pas nécessaire de connaître la structure du gène car il ne reste que les exons, et il est donc possible de placer les amorces aux extrémités de la séquence connue pour amplifier, puis séquencer le gène ; – qu’ainsi, l’homme du métier aurait trouvé tous les éléments dans l’état de la technique qui l’auraient incité, avec un espoir raisonnable de réussite du fait de la connaissance de la mutation sur le gène FMO3 chez l’homme et le bovin et de la suggestion du brevet AREXIS, à parvenir à l’invention c’est-à-dire à trouver l’emplacement 329 du FMO3 du poulet de sorte que cette identification a été faite sans aucune activité inventive ;

Considérant que les parties appelantes admettent que le séquençage du gène FMO3 du poulet n’est pas l’objet du Brevet EP 936 ; que ce brevet ne revendique aucune « méthode spécifique de recherche » de mutations dans un gène ou une quelconque méthode de séquençage, celles-ci étant connues à la date de priorité ; qu’elles n’en soutiennent pas moins que l’objet du Brevet EP 936, et par voie de conséquence son activité inventive, réside dans l’identification parmi toutes les mutations et tous les variants (polymorphismes) du gène FMO3 de poulet, d’une mutation causale ; que l’objet du brevet est ainsi l’identification d’une corrélation entre des polymorphismes spécifiques du gène FMO3 de poulet (i.e. mutation T329S) et le phénotype « odeur de poisson » dans les ‘ufs ; que plus précisément encore, l’enseignement du Brevet n’est en aucun cas d’avoir « trouvé l’emplacement 329 du FMO3 du poulet » comme a pu le retenir le tribunal, mais d’avoir identifié qu’une mutation à ce niveau, parmi de nombreuses autres mutations possibles ou éventuellement identifiées sur ce même gène, était responsable de l’odeur de poisson dans les ‘ufs de poules ;

Considérant, ceci étant exposé, que le rapport du 21 mai 2015 du professeur …… , dont la compétence n’est pas contestée, confirme que les étapes conduisant à la révélation d’un certain nombre de variants, dont le T329S, seraient considérées comme des approches standard de biologie moléculaire par l’homme du métier ; que ce spécialiste, qui ajoute que cette découverte seule ne permettait pas d’établir une association avec l’odeur de poisson pas plus qu’une causalité, précise ensuite :

– que réaliser une analyse d’association entre les mutations candidates et le statut des animaux est également simple, à condition d’avoir une cohorte de cas et de contrôles appropriée (incluant environ 100 cas et 100 contrôles), – que démontrer la causalité de variants dans le codant, qui est simple si ces variants sont à l’évidence associés à une perte de fonction (codon stop ou start.), devient plus fastidieux dans le cas de variants ‘non-sens’, ce qui est le cas du poulet dans la mesure où la mutation candidate est T329S ; que démontrer la causalité de cette dernière aurait requis des expériences supplémentaires pouvant aller jusqu’à tester l’activité enzymatique des mutants identifiés ; – que son estimation est que ces opérations auraient demandé moins de 6 mois à une personne expérimentée, avec un budget pour les consommables de l’ordre de 10 000 euros ;

Considérant que les opérations ainsi décrites sont soit des approches standard de biologie moléculaire, soit des opérations matérielles impliquant du temps de travail fastidieux et un investissement financier ; qu’elles ne révèlent donc aucune activité inventive pour l’homme du métier, laquelle au demeurant n’est décrite ni dans le brevet EP 936, ni même dans les conclusions des sociétés appelantes ;

Que pour ces motifs, le jugement sera confirmé en ce qu’il a prononcé la nullité de la revendication 1 pour défaut d’activité inventive ;